Das Kunsthandwerk war von Beginn an ein Sammlungsschwerpunkt im Museum für Franken. Hervorragende Beispiele an Möbeln, Fayencen, Uhren, Gold- und Silberarbeiten wurden schon vor der Museumsgründung 1913 durch den Kunst- und Altertumsverein gesammelt.

Besonders herausragende Ausstellungsstücke sind die Möbel des Hofschreiners Carl Maximilian Mattern, von dem ein Sekretär, ein Sakristeischrank und ein Uhrgehäuse ausgestellt sind. Eine Sonderstellung nimmt die umfangreiche Fayence-Sammlung ein, die vom ersten Direktor des Museums, August Stöhr, angelegt wurde. Trotz einiger Kriegsverluste ist sie immer noch eine der bedeutendsten Sammlungen süddeutscher Manufakturen. Besonders hervorzuheben ist die große Sammlung Ansbacher Fayencen der "Grünen Familie" sowie die hervorragenden Beispiele Nürnberger Hausmalerkrüge.

Schmiedeeiserne Truhen, vergoldete Fensterbeschläge aus der Residenz von Johann Georg Oegg, eine Astronomisch-geographische Bodenstanduhr mit Äquation von ca. 1760, eine Hoyss-Uhr mit Carillon, eine Kegelpendeluhr, eine Uhr mit Franklin-Zifferblatt und die weltberühmte Türmeruhr, deren älteste Teile aus dem 14. Jahrhundert stammen, sind weitere Höhepunkte des Kunsthandwerks im Museum für Franken. Ein großer Wandteppich aus der Würzburger Gobelinmanufaktur, Würzburger Porzellan und Objekte aus Glas, Zinn, Gold, Silber und Keramik sowie farbenprächtige fränkische Trachten und eine Büttnerwerkstatt runden die Sammlung ab.