Das Museum für Franken ist in den Räumlichkeiten der Festung Marienberg untergebracht. Die Festung Marienberg ist das Wahrzeichen Würzburgs und "thront" weithin sichtbar über der Stadt. Von 1201 bis zum Umzug in die Residenz war die Burg Sitz der Würzburger Fürstbischöfe. Spuren menschlicher Besiedlung ließen sich hier bei Ausgrabungen bis in die Hallstattzeit (um 1000 vor Christus) nachweisen.

Wie bei einem durchgeschnittenen Baumstamm lässt sich das Wachstum der Festung von ihrem innen liegenden Kern nach außen verfolgen: Die ältesten Teile finden sich im innersten Burghof mit der Marienkirche, die ihre Ursprünge im 8. Jahrhundert hat, dem Bergfried und dem Brunnenhaus, das über einem 104 m (!) tiefen Schacht errichtet wurde, der die Wasserversorgung der Festung sicherstellte. Zur Stadtseite hin begrenzt der sogenannte Fürstenbau mit vorgelagertem Fürstengarten diesen Hof.

Die Verbindung zum zweiten, in seinen Grundzügen unter Fürstbischof Julius Echter (1573 - 1617) entstandenen Hof mit Wirtschaftsgebäuden, Bastion und einer Pferdeschwemme im Zentrum bildet das Scherenbergtor, das ursprünglich von außen her nur durch eine Zugbrücke erreichbar war. Der jüngste Teil der Festung ist der Greiffenclau-Hof mit Kommandantenbau und barockem Zeughaus (1709 - 1712). Beide Gebäude dienten militärischen Zwecken, eine Aufgabe, der die Festung mit Verlagerung des fürstbischöflichen Wohnsitzes in die städtische Residenz ab Mitte des 18. Jahrhunderts ausschließlich diente. 

Ansicht der Festung Marienberg und der Alten Mainbrücke zu Würzburg
Caspar Merian nach Wenzel Hollar, 1648, und Anna Beek, 1690/1700
Bild: Rolf Matthes